Комплексное геномное профилирование

Развитие системы здравоохранения и накопление опыта в различных областях биомедицинских наук меняют наше понимание о персонализированном подходе к лечению. То, что еще вчера представлялось нам научной фантастикой, сегодня стало реальностью. Углубление в понимании биологии болезней, рост доступности данных реальной клинической практики (RWD – real world data), введение системы электронных медицинских карт — все это способствует прогрессу в персонализированной медицине. Ключевым движущим элементом такой трансформации в онкологии является комплексное геномное профилирование (КГП или CGP – comprehensive genomic profiling)1.

Комплексное геномное профилирование Foundation Medicine

Комплексное геномное профилирование – инновационная услуга, позволяющая адаптировать лечение пациента на основании уникального молекулярного профиля опухоли. 

В отличие от традиционных диагностических подходов, таких как флуоресцентная гибридизация in situ (FISH – fluorescent in situ hybridization), иммуногистохимия (IHC – immunohistochemistry) и полимеразная цепная реакция (PCR – polymerase chain reaction), которые определяют только предварительно заданные нарушения генома, связанные с конкретным типом опухоли, тесты FoundationOne® дают возможность в рамках одного биоматериала осуществить комплексное геномное профилирование опухоли, т.е. обнаружить все возможные генетические изменения в большом количестве онкозначимых генов, используя передовой метод секвенирования нового поколения (NGS – next generation sequencing).

Foundation Medicine превращает генетическую информацию в знания, имеющие практическую ценность. КГП методом NGS выявляет в образце все 4 типа основных клинически значимых мутаций (молекулярных изменений): замены азотистых оснований, инделы (вставки/делеции), изменения копийности генов и перестановки. Каждая из них может нарушать нормальную работу клеток, индивидуальная роль зависит от конкретной мутации и типа онкологического заболевания.

В процессе структурирования и анализа данных NGS формируется отчет, в котором помимо данных о клинически значимых изменениях врачу предоставляется подробная информация о возможности проведения таргетной терапии, доступных клинических испытаниях и количественных маркерах ответа на иммунотерапию: микросателлитной нестабильности (MSI – microsatellite instability) и мутационной нагрузке (TMB – tumor mutation burden). 

Тесты FoundationOne® позволяют диагностировать опухоли вне зависимости от их локализации. В качестве анализируемого биоматериала могут быть использованы как парафиновые блоки с тканью опухоли, так и кровь пациентов (жидкостная биопсия).

Foundation Medicine в соответствии с действующим законодательством США получила одобрение Агентства по надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) для тестов в качестве сопроводительного исследования для последующего назначения таргетной терапии при немелкоклеточном раке легкого, раке молочной железы, меланоме, колоректальном раке, раке яичников, холангиокарциноме, метастатическом кастрационно-резистентном раке простаты и солидных опухолях со значениями TMB >= 10 мутаций на мегабазу, а также солидных опухолях с перестройками NTRK 1/2/32.

Роль КГП в онкологии

Сегодняшнее понимание генетической природы онкологического заболевания кардинально меняет его диагностику, открывая путь к лечению, адаптированному под пациента. Онкология больше не рассматривается как одно заболевание – это совокупность большого числа заболеваний, каждое из которых имеет свои уникальные характеристики и собственный генетический состав (геномный профиль) для конкретного больного. Так, внутри одного из самых распространенных типов онкологического заболевания – рака легких – уже сегодня можно выделить как минимум 12 различных подтипов на основе мутаций (молекулярных изменений), вызывающих рост опухоли.

Появление молекулярной информации, ставшее возможным благодаря достижениям в области секвенирования ДНК и способности быстро собирать и обрабатывать большие объемы данных посредством биоинформатики, сыграло решающую роль в развитии онкологических исследований, результаты которых все более активно внедряются в клиническую практику.

КГП позволяет перевести полученную в результате тестирования генетическую информацию в практические знания для клинициста. По результатам тестов формируется отчет, в котором помимо данных о клинически значимых изменениях врачу предоставляется подробная информация о возможности проведения таргетной терапии опухоли, доступных клинических испытаниях и количественных маркерах ответа на иммунотерапию3.